Mac mini 2006年モデル（1.66 GHz Intel Core Duo, Mac OS X 10.6.8）をファイルサーバとして使っています。
2012年2月2日、Appleからリリースされたアップデートを行い、再起動。その直後にOnyXを起動し、自動処理を行い、再起動すると、起動できなくなりました。
起動音の後、グレーの画面となり、ギアが回転したまま、いつまで経ってもFinderが起動されません。しかたなく強制終了し、再度起動しても同じ。
Snow Leopardのインストールディスクから起動（DVDを入れて起動直後にOptiionキー押下、起動ディスクを選択）し、ディスクユーティリティでアクセス権の修復を行っても起動できません。
ネットで調べてみたら、セーフモードで起動すると、自動的に修復も試みてくれるとのことだったので、試してみたら無事起動できるようになりました。
以下のアップルサポートの記事が参考になります。